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Noticia Nº64: COVID-19 parte 5. Aspectos estructurales de la variante Omicron

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La aparición de la variante o subespecie Omicron del virus SARS-CoV-2 ha abierto todo un nuevo episodio en la pandemia de coronavirus. El análisis filogenético del genoma del virus Omicron sugiere que tiene un origen diferente a la variante delta, que había prevalecido en los últimos meses. Uno de los aspectos interesantes de Omicron es la divergencia respecto del resto de variantes debido a sus numerosas mutaciones. El virus presenta 37 mutaciones sólo en la proteína de la espícula respecto de la variante inicial de Wuhan, la mitad de las cuales se encuentran en el dominio de unión al receptor …

Noticia Nº62: COVID-19-parte 4. Echando un vistazo (molecular) a la ‘variante británica’ del SARS-CoV-2 para entender por qué aumenta su transmisibilidad.

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En los medios y redes sociales ha causado una gran alarma la aparición, reportada en diciembre de 2020 en Gran Bretaña, de una nueva variante del virus SARS-CoV-2. Esta variante, denominada B.1.1.7, contiene varias mutaciones puntuales respecto de la variante original que se extendió en febrero-marzo de 2020. Según los datos clínicos disponibles, la variante B.1.1.7 tiene mayor infectividad y velocidades de transmisión. Desde diciembre, según el COVID-19 UK Genomics Consortium, más del 50% de los nuevos contagios son de ésta variante, que presenta una transmisibilidad incrementada entre un 50 y un 70% respecto de la variante original que llamaremos …

Noticia Nº60: COVID-19-parte 3. RT-qPCR en el diagnóstico del virus.

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En los años 1980, el bioquímico Kary Mullis (que, por cierto, era un yellow jacket como yo, pues estudió en Georgia Tech) desarrolló una técnica para detectar regiones específicas de un DNA mediante su amplificación utilizando una DNA polimerasa. La técnica no era muy eficiente, pero Mullis supo aprovechar otro descubrimiento previo: las bacterias termófilas, que viven a altas temperaturas en aguas hidrotermales. En uno de estos organismos, la bacteria Thermus aquaticus, descubierta en las aguas hirvientes del parque de Yellowstone, se identificó una proteína clave: la Taq DNA polimerasa. Esta enzima puede polimerizar el DNA a temperatura más alta …

Noticia Nº59: COVID-19-parte 2. Un poco sobre la Biología del SARS-CoV-2.

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Un aspecto positivo del problema de la pandemia del virus SARS-CoV-2 es que hemos tenido la oportunidad de aprender muchas cosas en diversos aspectos. A mi, como bioquímico especializado en el trabajo con moléculas pequeñas y estructuras moleculares en general, me ha servido para aprender mucho sobre estructuras y biología molecular viral y adquirir una serie de conceptos epidemiológicos. Aún tenemos mucho que aprender. A lo largo de la pandemia, he ido montando una serie de figuras, con intención de su futuro uso en mis propias clases, y que ahora comparto aquí para quienes puedan resultar útiles. En caso de …

Noticia Nº57: especial COVID-19. Parte 1: modelo de crecimiento y la gripe de 1918

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La famosa “gripe española” de 1918 (que no se originó en España, aunque hizo estragos en el país, sino, posiblemente, en EEUU) causó estragos en todo el mundo. De ella podemos aprender muchas cosas y, en esta entrada, que voy a tratar de mantener lo más corta y sencilla posible, voy a mostrar a los lectores una de esas enseñanzas: cómo el número de infectados o de víctimas de una epidemia sigue un modelo matemático establecido. La intención en ésta serie de entradas es observar un aspecto muy concreto, en este caso, el modelo matemático que vamos a seguir en …